بقعه كلخوران، آرامگاه پدر شيخ صفي‌الدين اسحق اردبيلي جد سلاطين صفوي است و در روستاي كلخوران در سه كيلومتري اردبيل واقع شده‌است. روستاي كلخوران نيز گاه به نام اين بقعه «كلخوران شيخ» خوانده مي‌شود.
بناي بقعه مربوط به اوايل قرن دهم هجري قمري است.

اين بنا در محوطه مشجري به ابعاد ۱۵۰ در ۲۰۰ متر قرار دارد كه مقبره سيد امين‌الدين جبراييل به صورت يك هشت ضلعي در وسط باغ قرار گرفته‌است. قسمتي از نماي پاكار بنا از سنگهاي منتظم ساخته شده كه روي آنها ديوارهاي جانبي بقعه از آجر بنا شده‌است.

بيرون بقعه با تزيينات كاشي به صورت تلفيقي كار شده‌است. سقف اين بقعه مسطح است كه در وسط آن گنبد آجري به نسبت بزرگي قرار دارد. در ورودي بقعه يك ايوان قرار گرفته كه داراي تذهيب كاشي است.

اين مكان داراي محوطه اي است كه در آن گلكاري و تزيين صورت گرفته و همين به فضاي اين مكان جلوه ديگري بخشيده است. بازديد از خود بنا و بناهاي كنار آن و همچنين مقابر افراد مشهور و معروف
نيز از جمله ديدنيهاي آن مي باشد.

اين بنا شامل ديوار گلي بلند، مقبره امين الدين جبراييل، مقبره عوض الخواص بن فيروزشاه زرين كلاه، مقبره سيد محمد الاعرابي، بقعه سيد حمزه، مقابر داخل محوطه بقعه، مقابر خارج از محوطه بقعه مي باشند.

طرح بناي امين الدين جبرائيل به شكل مستطيل است كه يك ذوزنقه برابر ساق به ضلع شمالي از آن چسبيده و آن را به صورت شش ضلعي در آورده است. ابعاد بنا 8/14 ‍× 24 متر از شمال به جنوب مي باشد.

ساق ها و قاعده هاي كوچك ذوزنقه، پهناي سه طاق ايوان مدخل رواق را تشكيل مي دهند. در ازاره مدخل ورودي كاشي كاري شده و بالاي آن يك بيت شعرنوشته شده است. بالاي درب ورودي، تصوير يك شير و يك پلنگ در دو سوي پنجره نقاشي شده و هر يك با يك زنجيره بسته شده اند، و نشان از سبك و سياق منسوب به دوره صفوي و اوايل سده يازدهم هجري دارند.

طاق ايوان ساده است، اما طاق هاي دو سوي آن داراي گچبري و مقرنس كاري است.

رواق، بنايي است مستطيل شكل كه با طاق ضربي آجري پوشيده شده و دو سوي خاوري و باختري آن نيز، دو خواجه نشين منظم ساخته شده است كه طاق ضربي آجري دارد.

سقف رواق و خواجه نشين ها گچبري است، و با رنگ هاي آبي و طلايي و با اسليمي هاي ساده و توريقي و گل هاي شاه عباسي نقاشي شده اند.

ازاره رواق، با كاشي معرق و در برخي قسمت ها با كاشي هاي هشت ضلعي منظم فرش شده و حد فاصل چهار كاشي، با مربع هاي كوچك پوشيده شده است.

رواق مقبره از نظر تزيينات و رنگ، ملايم و هماهنگ مي باشد. ازاره كاشي كاري، مجمموعه گچبري و نقاشي سقف و ديوارها را كه در عين سادگي از تنوع شگفت از جهت طرح هاي مختلف برخوردار است در بر گرفته و فضايي مناسب را براي زايران فرآهم آورده است.

در اين ميان، ‌در چوبي مقبره كه خود يكي از آثار بسيار ارزنده و جالب هنري مي باشد، بر جاي مانده است. روي اين در، منبت كاري هاي چشمگير بر اساس تقسيم بندي هندسي كار شده و اشعار گوناگون در قسمت هاي مختلف آن برجسته كاري شده است.

پس از آن كه از اين در چوبي، وارد مقبره مي شويم، اتاقي به شكل مربع با چهار رواق قرار دارد كه همه آن ها مانند راهرو، ضربي آجري بوده و از داخل، گچ بري ومقرنس كاري شده است. همه سطوح آن در بدنه ديوار و سقف، با اسليمي هاي مختلف و ترنج ها و شاه عباسي ها نقاشي شده اند.

آخرين تعميرات ومرمت كاري در اين قسمت مقبره به سال 1030 هجري قمري مربوط مي باشد و طاهر بن سلطان محمد نقاش، آن را انجام داده است. در متن بقعه مقبره، صندوق ساده شيخ جبراييل قرار گرفته كه ابعاد آن 50/1× 2×3 متر است. در بدنه ديوارهاي بقعه، لوحه اي كمربندي از كلام خدا گچبري شده است.

در دو سوي شاه نشين جنوبي مقبره، دو اتاق شش ضلعي به قطر 30/3 متر و اضلاع 25/1 متر ساخته شده است كه از ويژگي هاي معماري مانند طاقچه بندي ديوارها، مقرنس كاري سقف، گچبري و نقاشي هاي سطوح گوناگون اتاق ها برخوردار است.

اين اتاق ها مجموعه اي از انواع اسليمي ها و تركيبي از رنگ هاي سبز، آبي خاكستري، قهوه اي، قرمز، فيروزه اي در متن ها و صورتي، سفيد و طلايي بر گل ها و اسليمي ها است.

 در دوره صفوي اين بقعه داراي فرشهاي زيبا و پرده‌هاي نفيس بوده كه اكنون اثري از آنها باقي نيست.

روي ازاره بيروني ديوارهاي جانبي بقعه آياتي از قرآن به صورن گچبري نقش بسته كه از اهميت هنري شايان توجهي برخوردار است.

در دو طرف شاه‌نشين جنوبي بقعه، دو اتاق شش ضلعي قرار دارد كه داراي سقف مقرنس زيبا و ظريفي است كه كتيبه‌اي بر روي در چوبي آن حكاكي شده‌است.